и начините, по които се разпространява инфекцията, могат да бъдат различни.Колонизацията, медиирана от патогени, всъщност може да се осъществи чрез:
- Възходящ път от пикочния мехур (най -често): от перинеума (или от вагиналния вестибюл, в случай на пациенти от женски пол), микроорганизмите се изкачват нагоре в уретрата, след това в пикочния мехур, до бъбреците; основните причини инфекцията при жените се състои в деформация на уретрата по време на полов акт, докато при мъжете често е вторична по отношение на простатит. При катетеризирани пациенти може да възникне замърсяване след позициониране или манипулиране на катетъра, с последващо възможно издигане на патогени в пикочния мехур .
- Кръвен низходящ път: през кръвния поток, в хода на септицемия, патогените достигат до бъбреците, причинявайки нефрит и бъбречни абсцеси.
- Нисходящ лимфен път: мрежа от лимфни съдове свързва възходящото дебело черво с десния бъбрек и низходящото дебело черво с левия бъбрек.
Микроорганизмите, участващи в пиелонефрит, обикновено са едни и същи, отговорни за инфекции на пикочните пътища, на гениталния и стомашно -чревния тракт, следователно в пикочния мехур, простатата, шийката на матката, вагината, уретрата или ректума: Ешерихия коли, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. и т.н.
В повечето случаи тези патогени представляват бактериите от фекалната флора, които поемат по възходящ път, въпреки че като цяло перисталтиката (движения на контракции и разтягане на стените на пикочните пътища) извършва „ефективно защитно действие срещу инфекции.
Понякога се съобщават и други необичайни микроорганизми: микобактерии, дрожди и гъбички, както и опортюнистични патогени като напр. Corynebacterium urealyticum.